日本医師会は、「骨太の方針2006」に対する見解を発表した。国家財政悪化の原因は、社会保障費の増加にあるとする考えは誤りだとし、「04年度決算における国債発行残高の増加額70兆円に対し、社会保障費の増加額は0.6兆円に過ぎない」と指摘。仮に社会保障費を削減しても、国家予算という大局への影響はほとんどなく、「焼け石に水」だと政府方針を一蹴した。
骨太の方針は社会保障費の安定財源を確保するため、消費税を引き上げて目的税化する可能性にも言及しているが、「国民に新たな負担を求める前に、150兆円に及ぶ公的年金の積立金に目を向けるべき」との考えを強調した。その上で、「年金保険料は国民の幸せのために還元するのが筋だ」とし、年金を含む社会保障費の国庫負担増は、大きく見積もっても年間1兆円程度であることから、「年金積立金を取り崩せば、暫くは持ちこたえられる」と提案した。
また、社会保障費のうち国民医療費では、個人の保険料と自己負担を合わせた家計負担が増大している一方で、事業主負担は低下し続けているとし、事業主負担の引き上げを検討する必要性も挙げた。さらに医療費については、保険料上限の撤廃や、組合健保の保険料を政管健保並みに引き上げることも有効な財源調達法との考え方を示した。
これらを踏まえ、消費税の引き上げに対しては、公共事業費をはじめ特別会計に隠れている無駄や非効率を徹底的に解消するなど、あらゆる手段を講じても、なお財源が足りなくなった場合の最終手段に位置づけられるべきとした。
その上で今回の骨太方針は、今後の社会保障制度を考えていく出発点に過ぎないとし、日医としては社会保障を国民の安全と安心を支える「平時の安全保障」と捉え、引き続きそれを守り抜くことに全力で取り組む決意を表明した。