厚生労働省保険局は２００６年度に医療費保険と公費から支払われた医療費（概算医療費）を公表した。それによると、06年度の概算医療費は32.4兆円で、前年度と比べ４００億円（0.1％）増加した。このうち、調剤医療費は前年度より3.4％伸びて4.7兆円となり、概算医療費に占める割合も0.5ポイント増えて14.6％となった。また、保険薬局１施設当たりの医療費は１億００４５万円（前年度比1.2％増）で、初めて１億円の大台を突破し、３年連続で医科診療所を上回った。
06年度の概算医療費は32.4兆円で、前年度に比べ0.1％増にとどまった。06年度は診療報酬改定が行われたことが影響している。
制度改正や診療報酬改定の影響のなかった05年度の伸び率（前年度比）が3.1％であったことや、06年度診療報酬改定がマイナス3.16％だったことから、厚労省では、医療費そのものは微増したものの、３ 0４％といわれる自然増の範囲にあると分析している。
制度別にみると、一般では被用者保険が9.4兆円（本人4.9兆円、家族4.5兆円）で、前年度に比べ0.2％減（本人0.2％減、家族0.3％減）、国保は7.9兆円で2.7％減。高齢者は13.8兆円（うち老人保健11.2兆円）で2.0％増（老人保健3.3％減）。公費は1.4兆円（0.9％増）だった。
診療種類別では、診療費が27.6兆円で前年度比0.4％減。調剤は３年連続で４兆円を突破して4.7兆円と５兆円に近づき、前年度より１５００億円（3.4％）増加した。診療費としては、入院が13.0兆円で横ばい、入院外が12.1兆円で0.3％減、歯科は2.5兆円で2.8％減だった
診療種類別では、調剤だけが突出して３％強の伸びを示しており、依然として医薬分業の進展が、調剤医療費を押し上げていることを裏づける結果となっている。ただ、近年は伸び率が鈍化しており、前年（8.7％）に比べて約３分の１の伸び率にとどまっている。
１施設当たりの医療費（収入）は、医科では病院が19億２０３４万円（前年度比0.1％増）、診療所が９２９１万円（0.5％減）、歯科では病院が６４７４万円（6.9％減）、診療所が３６１６万円（3.2％減）、保険薬局は１億００４５万円（1.2％増）で、初めて1億円の大台に達した。
受診延べ日数（患者数）は、総数が27.0億日で前年度より0.7％%減少しており、全体として患者数の減少がうかがわれる。このうち医科の入院が1.4％減の4.9億日、入院外が0.5％減の17.9億日であったのに対し、調剤は6.9億日で3.9％増加した。
１日当たり医療費（単価）では、総数は１万２０００円で前年度より0.8％増加した。医科の入院は1.4％増の２万６６００円、入院外は0.1％増の６８００円だったが、調剤は0.5％減の６９００円だった。
１人当たり医療費は平均25.4万円で、前年度と比べ横ばい。保険制度別では、被用者保険が12.9万円（本人12.6万円、家族13.2万円）で0.5％減（本人1.3％減、家族0.4％増）、国保が21.8万円で0.4％減、高齢者が74.2万円で1.4％の減少だった。
